Magistrelle resepter er normalt ikke dekket av §2 i blåreseptforskriften, og det kreves derfor at det søkes om individuell refusjon på §3 for pasienter som har behov for magistrelle blandinger. Det er imidlertid gjort unntak som gjør at enkelte magistrelle blandinger kan forskrives med refusjon på §2. Dette gjelder palliativ behandling i livets sluttfase som kan refunderes med refusjonskode -90.
Magistrelle resepter refunderes også på §4 når legemiddelblandingen har ATC-kode som normalt har gyldig refusjon på §4. ATC-kode må angis på resepten i refusjonsoppgjør til Helfo.
For å identifisere virkestoff som kan gi rett til refusjon ved magistrell resept, skal FEST utvides til å støtte en knytting mellom virkestoff og refusjon. Tidspunkt for at dette innføres i FEST er ikke avklart.
Rekvirent skal påføre riktig refusjon på resepten, og apotek skal på vanlig måte kunne formidle refusjon til Helfo, samt gjøre intervensjon på refusjon hvis det er nødvendig.